Laboratorium Geomikrobiologii i Geochemii Środowiska
(poprzednia nazwa: Laboratorium Geochemiczne i Geomikrobiologiczne)

• Pracownia Geochemii nieorganicznej
• Pracownia Geochemii organicznej
• Pracownia Geomikrobiologii

Laboratorium Geologii Stosowanej
(poprzednia nazwa: Laboratorium Geologii Inżynierskiej, Geomechaniki, Hydrogeologii i Geofizyki)

• Pracownia analizy termicznej i badań właściwości sorpcyjnych
• Pracownia mechaniki gruntów
• Pracownia geomechaniczna
• Pracownia badań polowych
• Pracownia geofizyczna
• Pracownia hydrogeochemiczna
• Pracownia antropogenicznych przekształceń środowiska

Laboratorium Mikroskopii Elektronowej, Mikroanalizy i Dyfrakcji Rentgenowskiej (LMEMiDR)
(poprzednia nazwa: Laboratorium Mikroanaliz Geomateriałów)

• Międzyinstytutowe Laboratorium Mikroanalizy Minerałów i Substancji Syntetycznych (Pracownia Mikrosondy Elektronowej)
• Pracownia Preparatyki Próbek
• Pracownia Rentgenowska
• Środowiskowe Laboratorium Niskotemperaturowej Skaningowej Mikroskopii Elektronowej Cryo-SEM 

• Laboratorium Zakładu Geologii Inżynierskiej (LabZGI)
• Pracownia Mikroskopii Optycznej
• Pracownia Przygotowania i Separacji Minerałów
• Pracownia Separacji
• Pracownia Technologii Surowców Ilastych
• Środowiskowe Laboratorium Badań Ośrodków Skalnych